Gel(2-DE gel or SDS-PAGE gel)をdust-free D.Wに2~3回washingした後、解析するspot(or band)を汚染されていない清潔な道具で直径0.2cmが超えないようにcuttingします。(*染色されていない部位は最大限除去してください )

Silver stainingの場合、染色の程度が肉眼で見えるほどはっきりしたバンドの形態になってこそ同定の確率が高くなります。CBB stainingの場合は肉眼で見える程度の形態なら解析可能です。Cuttingしたgelを1.5ml micro-tubeに入れて常温配送でお送り下さい。(D.Worbufferは添加しなくても大丈夫ですし、乾燥されたbandも問題ないです)

MALDI-TOFは、PMF(Peptide Mass Fingerprint)解析法で特定のenzyme処理によって切られたpeptide fragmentらのmass値を測定し、これでdatabase searchをして同定する解析です。ですので、PMF方法はGenomic sequenceが完了できている生物種またはNCBIに登載されているタンパク質の同定に主に使用します。　　MALDI-TOF/TOFは、MALDI-TOF解析から出たMASSに対してもう一度MS/MS解析をし、aminoacid単位まで切られたmass値を測定してdatabase　searchをして同定する解析法です。Genomic　sequenceが完了されていない生物種や数個のタンパク質が混ざっているサンプルの同定に有用に利用される方法です。そして、MS解析の結果を論文に使用する目的の場合は、近頃の著名なジャーナルではMALDI-TOF/TOF法やLC-MS/MS法からのデータのみを認める状況ですので、参考にしてください。

量は別に決まってはいませんが、MS解析でのタンパク質同定はタンパク質量が一番のポイントですので、タンパク質量が多いほど同定できる確率は高いです。MS解析は、silver stained gelとCBB stained gelの両方とも可能です。また、タンパク質の量さえ確認できれば染色されないゲルや溶液状態でも大丈夫です。MS/MS解析はMS解析よりもっと多い量のタンパク質が必要ですので、CBB stained gelをお薦めします。

PMF: 5~7 作業日、MALDI-TOF/TOF: 7~10 作業日、LC-MS/MS: 10~14 作業日

① PMFの場合、依頼者が予想するタンパク質で同定されない場合でもタンパク質bandを構成している主なタンパク質が他のタンパク質で組成されている場合

② タンパク質bandの場合、一次元電気泳動(1-D SDS-PAGE)を行った場合には一つのbandに見えても二つ以上のタンパク質が存在する可能性があるため、この場合PMFの結果はmixed proteinで同定されたり、または信頼性のあるscoreで同定されない場合があります。

③ Genomic sequencingが完璧に完了されていないoriginに対してPMF同定を希望される場合

④ 依頼者が予想しているタンパク質が、実際解析の結果では目的タンパク質でないことと判明される場合やdatabaseにhitがない場合

⑤ MS peakがhuman keratinで同定された場合 (keratinのコンタミで見なす)

*このような事例の場合、依頼者が希望するタンパク質では同定されない可能性があり、正常なspectrumが得られた場合は同定されたことと同じ料金が請求されますので、ご了解ください。