横軸に表示したのはpI(等電点)であり、縦軸は分子量です。大略な数値として見てよろしいです。正確な数値はタンパク質同定を通して確認できます。

ご依頼サンプルのゲルイメージ中の一枚を使用して、すべてのサンプルで見えるspotが管理できるように作られた仮想のイメージです。後で同じoriginサンプルをご依頼いただく場合、以前のmaster imageを使用するため、同じspot(タンパク質)の場合は同じSSP番号が付けられるようになります。

Master imageに選定されたspotのSSP番号が表示されていて、残りのサンプルimageに選定されたspotが同じ位置に見えるようになります。それぞれのサンプルでspot発現の差が肉眼で確認することができます。

Captureした詳細イメージにご興味のあるspotを矢印などで表示していたただければ、イメージ解析プログラムから解析をしてデータをお送りします。

反復実験のないままsinglicate分析をすることになると少しでも変化の見える多数のspotが選定対象になりますが、この場合選定された候補の数が一般的に非常に多いのが特徴です。ですので、サンプルとgel variationの差からありえる候補選定のミスを最大限排除できる反復実験をお薦めします。実際反復実験をすることによって選定される候補の個数がsiglicateに比べてたくさん減るようになります。もしサンプルの調製で問題があるなり、調製までの時間が長くなってしまうため出来ない場合にはspotのintensity値を基準にして増減変化幅が非常に大きい候補らを選定すればよろしいです。

2-DEのイメージを見てspotがあるところに位置するとしてもそれがどのタンパク質かは分かりません。ですので、イメージ解析を通して得られた結果を基にして興味のあるspotの番号を提示し、タンパク質同定のサービスをお申し込みください。料金はサンプルのoriginとどんな同定方法を使うかによって違いますので、MS解析のFAQを参考にしてください。

不可能です。基本的に同じプロテオーム組成であってこそ同じ座標にあるspotは同一タンパク質だと言えるのです。種あるいは部位がまったく違うサンプルの2-DEイメージを比較して同じ座標に見えるspotが観察されるとしても当然同一タンパク質ではないのです。仮に同一種の違う部位の2-DE イメージを比較して偶然に同じタンパク質が各サンプルに共存して同一座標に見えるとしてもMS解析を通して必ず同一タンパク質かを確認しなればなりません。

Degradationとはタンパク質が何らかの物理的、生理的現象によって分解されることを意味します。例えば植物の場合、サンプルの調製過程でタンパク質を抽出する前に常温で暫くの間でも露出すると、数秒内にproteaseの活性によってタンパク質が分解される現象が起きます。何かの特別な細菌などからでもこのように敏感な事態になる場合もよく観察されます。このように、何かの理由によってタンパク質が分解されてしまったサンプルの場合、正確なイメージ解析を遂行することが出来ません。タンパク質が分解されるようになると元々の分子量より小さい方でspotが見える現象が観察され、proteaseの露出時間などによってサンプルごとに差を見せる場合もあるためです。ですので、サンプルを準備する過程や配送時にタンパク質が分解されるほどの過程は最大限排除した方が望ましいですが、このためにサンプルは細胞壁が壊れる程度の温度や刺激を与えない範囲で調製し、調製すると同時に液体窒素で凍らせて -70℃以下で保管し続けてください。また、解析のために配送をする際には宅配の配送期間を考慮してドライアイスを充分にいれ、密封のままお送り下さい。

サンプルは同じ試料なのにプロテオームの組成が確然と異なる場合はほとんどありません。一般的にプロテオームの組成が異なる場合は、双方が異なる種か部位である場合のみに該当します。しかし、同一種の同一サンプルにもかかわらずプロテオーム組成が異なる場合がありますが、一部のサンプルでタンパク質のdegradationが起きた場合とサンプルが互いに異なるプロテオーム組成が持つしかない状況にあった場合などが該当します。このように、どんな理由からでも解析を依頼されたサンプルの解析が不能なほど互いに相違なプロテオーム組成を持つ場合には発現変化を分析して候補を選定する作業は遂行するとこが出来ません。

サンプル間の類似性を一目で簡単に見られるように作られたもので、距離が遠く離れているサンプルほど相違な部分の多いサンプルであり、反対に距離が近いほど比較的に似ているタンパク質の発現変化を見せるサンプルになります。