샘플이 동일한 시료인데 프로테옴의 조성이 확연히 다른 경우는 거의 없습니다. 일반적으로 프로테옴의 조성이 다른 것은 서로 다른 종이거나 부위일 때만 해당합니다.

하지만 같은 종의 같은 샘플임에도 불구하고 프로테옴 조성이 다른 경우가 있는데 일부 샘플에서 단백질의 degradation이 일어난 경우나, 샘플이 서로 다른 프로테옴 조성을 가질만한 상황에 있었던 경우 등이 이에 해당합니다.

이렇게 어떠한 이유에서든지 분석 의뢰하신 샘플이 분석이 가능하지 않을 정도로 서로 상이한 프로테옴 조성을 가질 경우 발현 변화를 분석하고 후보를 선정하는 작업을 수행할 수 없습니다.

Degradation은 단백질이 어떤 물리적, 생리적 현상에 의해 분해되는 것을 말합니다.. 예를 들면 식물의 경우 샘플준비과정에서 단백질 추출 전에 상온에 잠시라도 노출되면 수초 내에 protease의 활성으로 인해 단백질이 분해 되는 현상을 보입니다. 어떤 특별한 세균 등에서 이런 민감한 사항을 보이는 경우도 종종 관찰되고 있습니다.

이렇게 어떤 이유를 통해서든, 단백질이 분해되어 버린 샘플의 경우 정확한 이미지 분석을 수행 할 수가 없습니다. 단백질이 분해되게 되면 원래 분자량보다 작은 쪽에서 spot이 보이는 현상이 관찰되며, protease의 노출 시간 등에 따라 샘플마다 차이를 보이는 경우도 있기 때문입니다.

그렇기 때문에 샘플 준비과정이나 배송과정에서 단백질이 분해될 만한 과정을 최대한 배제하는 것이 바람직한데, 이를 위해서 샘플은 세포벽이 깨질만한 온도나 자극을 주지 않는 범위 내에서 준비하자 마자 바로 액체 질소에 얼리시고 -70℃ 이하에서 계속 보관하시는 것이 좋습니다.

그리고 분석을 위해서 배송을 하실 때는 택배 배송 기간을 고려하셔서 드라이아이스가 충분할 정도로 넣어 주시고 밀봉에 신경을 쓰셔야 합니다.

반복 실험이 없이 singlicate 분석을 하게 되면 약간의 변화라도 보이는 다수의 spot이 선정 대상이 되는데, 이런 경우 선정된 후보의 수가 일반적으로 매우 많은 것이 특장입니다. 그러므로 샘플과 gel variation의 차이에서 올 수 있는 후보 선정의 오류를 최대한 배제할 수 있는 반복 실험을 하시길 권장해 드립니다.  

실제 반복 실험을 하게 되면 선정되는 후보의 개수가 siglicate분석에 비하여 많이 줄어들게 됩니다.

혹, 샘플의 준비가 어렵거나 장기간이 소요되어 반복실험이 여의치 않을 경우에는 spot의 intensity값을 기준으로 계산하여, 증감의 변화폭이 매우 큰 후보들을 기준으로 선택하시면 됩니다.