G-SIMS

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1) 젤 이외의 다른 부분이 포함되지 않도록 젤 영역만 잘라서 스캔 해주세요. (상하좌우)

2) 이미지의 용량은 10Mb 정도로 맞춰주세요. 용량이 너무 클 경우 이미지를 통합한 match set의 용량이 너무 커져 프로그램 운영이 어려울 수 있습니다.

3) 스캔 사이즈 X , Y 축의 physical size가 맞아야 합니다. 그러므로 가급적 한번에 같은 조건으로 스캔해주시기 바랍니다.

4) Image의 저장은 8bit나 가급적 16bit의 높은 해상도로 동일한 조건으로 맞추어서 tiff-uncompressed로 저장하셔야 합니다. RGB 컬러나 compressed 파일은 저희가 사용하는 PDQust 프로그램에서 열리지 않습니다.

5) 혹시 위와 같이 스캔이 어려우실 경우에는 저희 쪽에 젤을 보내 주셔도 됩니다.

(저희 홈페이지 프로테옴 분석 서비스 요금란에 IMAGE ANALYSIS ONLY에 스캔방법을 클릭하시면 자세한 안내 내용을 보실 수 있습니다.)

기본적으로 matchset 파일은 어떤 경우에도 제공해 드리지 않습니다.

분석이 완료된 Match set은 제노마인이 보유한 이미지 분석기술이 고스란히 담겨져 있기 때문에 외부로의 유출이 금지되어 있습니다.

고객님께서 의뢰하신 data는 제노마인에서 따로 보관하고 있으니, 언제든지 연락해 주시면 찾아서 재송부 해드립니다.

반복실험시 추가로 진행된 2-DE image를 이용하여 match set을 만들 때, 이전의 image와 통합하게 되고, 그 과정에서 이전에 부여되었던 SSP 번호 즉, 고유 spot의 번호를 transfer하게 됩니다. 그러므로 이전에 받으신 번호와 같은 번호의 SSP는 같은 좌표에 있는 동일한 spot입니다.

Spot intensity는 프로그램에서 spot을 detection 하면서 동시에 area를 감지하여 계산되는 것입니다. 그래서 매우 약하거나 매우 강도가 높은 spot을 감지할 때 주변의 background나 인접한 spot의 area에 영향을 받게 될 때가 있습니다. 이런 경우 프로그램 오류이므로, 확인되는 부분은 수작업으로 새로이 spot detection을 하여 정확한 데이터를 얻을 수 있도록 합니다. 간혹 선정된 후보의 개수가 많아 미처 확인되지 않은 데이터가 제공될 수 있으니 문의해 주시면 수정하여 다시 보내드리겠습니다.

clustering도 마찬가지로 샘플간의 유사성을 한눈에 볼 수 있도록 하는 다른 방법으로, 인접한 샘플이 서로 유사하며 다른 가지로 나누어 질수록 비교적 보면 됩니다. Distance tree와 대체로 결과가 유사하게 나오므로 비교하여 보시기 바랍니다.

샘플간의 유사성을 쉽게 한눈에 볼 수 있도록 그려진 것으로, 거리가 멀리 떨어져 있는 샘플일수록 서로 상이한 부분이 많은 샘플이고 반대로 거리가 가까울수록 비교적 비슷한 단백질 발현 변화를 보이는 샘플이라고 보시면 됩니다.

샘플이 동일한 시료인데 프로테옴의 조성이 확연히 다른 경우는 거의 없습니다. 일반적으로 프로테옴의 조성이 다른 것은 서로 다른 종이거나 부위일 때만 해당합니다.

하지만 같은 종의 같은 샘플임에도 불구하고 프로테옴 조성이 다른 경우가 있는데 일부 샘플에서 단백질의 degradation이 일어난 경우나, 샘플이 서로 다른 프로테옴 조성을 가질만한 상황에 있었던 경우 등이 이에 해당합니다.

이렇게 어떠한 이유에서든지 분석 의뢰하신 샘플이 분석이 가능하지 않을 정도로 서로 상이한 프로테옴 조성을 가질 경우 발현 변화를 분석하고 후보를 선정하는 작업을 수행할 수 없습니다.

Degradation은 단백질이 어떤 물리적, 생리적 현상에 의해 분해되는 것을 말합니다.. 예를 들면 식물의 경우 샘플준비과정에서 단백질 추출 전에 상온에 잠시라도 노출되면 수초 내에 protease의 활성으로 인해 단백질이 분해 되는 현상을 보입니다. 어떤 특별한 세균 등에서 이런 민감한 사항을 보이는 경우도 종종 관찰되고 있습니다.

이렇게 어떤 이유를 통해서든, 단백질이 분해되어 버린 샘플의 경우 정확한 이미지 분석을 수행 할 수가 없습니다. 단백질이 분해되게 되면 원래 분자량보다 작은 쪽에서 spot이 보이는 현상이 관찰되며, protease의 노출 시간 등에 따라 샘플마다 차이를 보이는 경우도 있기 때문입니다.

그렇기 때문에 샘플 준비과정이나 배송과정에서 단백질이 분해될 만한 과정을 최대한 배제하는 것이 바람직한데, 이를 위해서 샘플은 세포벽이 깨질만한 온도나 자극을 주지 않는 범위 내에서 준비하자 마자 바로 액체 질소에 얼리시고 -70℃ 이하에서 계속 보관하시는 것이 좋습니다.

그리고 분석을 위해서 배송을 하실 때는 택배 배송 기간을 고려하셔서 드라이아이스가 충분할 정도로 넣어 주시고 밀봉에 신경을 쓰셔야 합니다.

가능하지 않습니다. 기본적으로 같은 프로테옴의 조성을 가지고 있어야만 같은 좌표에 있는 spot이 동일한 단백질이라고 볼 수 있습니다. 종이나 부위가 전혀 다른 샘플의 2-DE 이미지를 비교하여 같은 좌표에 보이는 spot이 관찰된다 하더라도 당연히 같은 단백질은 아닙니다. 설령 같은 종의 다른 부위의 2-DE 이미지를 비교하여 우연히 같은 단백질이 각 샘플에 공히 존재하여 동일한 좌표상에 보인다 하더라도 MS분석을 통해 반드시 동일한 단백질인지 확인하셔야 합니다.