G-SIMS

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① PMF의 경우 의뢰자가 예상하는 단백질로 동정이 되지 않은 경우라도, 단백질 band를 구성하고 있는 주요 단백질이 다른 단백질로 조성이 되어 있는 경우

② 단백질 band의 경우 일차원 전기영동(1-D SDS-PAGE)을 한 경우에는 하나의 band로 보일지라도 두 개 이상의 단백질이 존재할 수 있으므로, 이 경우 PMF의 결과는 mixed protein으로 동정이 되거나 또는 신뢰성 있는 score로 동정이 되지 않는 경우.가 있습니다.

③ Genomic sequencing이 완벽하게 되지 않은 origin에 대해서 PMF동정을 원하시는 경우

④ 의뢰자가 예상하는 어떤 단백질로 알고 있으나, 실제로 분석결과 의도했던 단백질이 아닌 것으로 판명이 나는 경우나, database에 hit이 없을 경우

⑤ MS peak이 human keratin으로 동정이 된 경우 (keratin 오염이 된 것으로 간주)

* 이러한 사례의 경우 의뢰자가 원하는 단백질로 동정이 되지 않을 수 있으며, 정상적인 spectrum이 얻어졌다면 동정된 것과 동일한 분석료가 청구되오니 양해 바랍니다.

PMF: 5~7 일

MALDI-TOF/TOF: 7~10 일

LC-MS/MS: 10~14 일

(* 주말/휴일 제외한 working-day 입니다.)

특별히 정해진 양은 없으나, MS분석을 통한 단백질 동정은 단백질 양이 가장 중요한 관건이므로, 단백질 양이 많으면 많을수록 동정될 확률은 높습니다.

MS 분석은, silver stained gel과 CBB stained gel 모두 가능합니다. 그리고 단백질 양만 확인 하셨다면 염색이 되지 않은 젤이나 용액상태라도 무방합니다.

MS/MS 분석은 MS분석보다 더 많은 양의 단백질을 필요로 하므로 CBB stained gel을 권해 드립니다.

MALDI-TOF는, PMF(Peptide Mass Fingerprint) 분석법으로 특정 enzyme을 처리하여 잘라진 peptide fragment들의 mass 값을 측정하고 이를 사용하여 database search를 하여 동정하는 분석입니다.

그러므로, PMF방법은 Genomic sequence가 완료된 생물종이나 NCBI에 등재가 된 단백질을 동정하는데 주로 사용합니다.

MALDI-TOF/TOF는, MALDI-TOF 분석 후 나온 MASS에 대하여 한 번 더 MS/MS분석을 하여, amino acid 단위까지 쪼개진 mass값을 측정하여 database search를 하고 동정하는 분석법입니다. Genomic sequence가 이루어지지 않은 생물종이나, 여러 가지 단백질이 섞여있는 샘플의 동정에 유용하게 이용되는 방법입니다.

그리고 MS 분석 결과를 논문에 사용할 목적이시라면 근래 저명한 저널에서는 MALDI-TOF/TOF 방법이나 LC-MS/MS 분석을 한 데이터만을 인정 해주는 상황이니 참고하시기 바랍니다.

Gel(2-DE gel or SDS-PAGE gel)을 dust-free D.W에 2~3번 정도 washing 후, 분석 할 spot(or band)을 오염이 되지 않은 깨끗한 도구를 사용하여 지름이 0.2cm를 넘지 않도록cutting합니다. (* 가능한 염색되지 않은 부위는 제거해야 합니다. )

Silver staining의 경우 염색정도가 눈에 보일 정도로 뚜렷한 밴드 형태를 띄어야만 동정될 확율이 높아집니다.

CBB staining의 경우 눈에 보일정도의 형태를 띄면 분석 가능합니다.

Cutting한 gel을 1.5ml micro-tube에 담아 상온배송 합니다.( D.W or buffer는 첨가하지 않아도 되며, 건조된 band도 무관합니다)

제노마인에서는 고객님의 sample gel을 일년간 보관한 후 폐기하게 됩니다. 폐기 전에 젤을 전달 받으시기 원해시면 송부해 드릴 수 있습니다.

선정된 후보 중에는 SPOT의 intensity가 약해 MS 분석시 동정될 확률이 낮아지게 됩니다. 이때 분석성공률을 높이기 위해 여러 개의 spot이 필요한 경우가 있습니다. 그런데 실제 의뢰하신 샘플의 개수가 많지 않아 SPOT의 다량 확보가 어려울 경우 미리 동정 불가 여부에 대해 고지를 하게 됩니다., 만약 샘플의 여유가 있으시다면, prep gel 2~3장 등을 더 하셔서 spot을 추가로 확보한 뒤 MS 분석을 하는 것이 좋습니다..Prep gel은 이미지 분석 등의 서비스가 생략되므로 가격은 A format 가격으로부과 됩니다.

고객님께서 직접 MS 분석을 수행하시고자 Spot Picking service를 신청하시게 되면, 각 젤에 있는 spot의 전체 부분을 분석에 이용하기 쉽도록 알맞은 크기로 파내어 멸균된 용기에 담아, 택배로 상온배송 해 드립니다. (착불택배) 서비스를신청하실 때 받으실 주소를 신청란에 기입해 주시기 바랍니다.