의뢰하신 샘플의 젤 이미지 중 한 장을 사용하여 모든 샘플에서 보이는 spot을 관리할 수 있도록 만들어진 가상의 이미지 입니다.

추후에 같은 origin 샘플을 의뢰하실 경우에 이전의 master image를 사용하기 때문에 같은 spot(단백질)일 경우에는 같은 SSP번호가 부여되게 됩니다.

프로그램을 통해 선정된 후보들을 젤 이미지에 표시하는 것은 가능합니다. 프로그램으로 표시할 경우 선정된 후보가 많을 때에는 인접한 spot의 번호들과 글자가 겹쳐져서 식별이 어려울 수가 있습니다.

그래서 이런 경우는 요청에 따라 번호가 표시되지 않고 단지 빨간색 점으로 표시해 제공해 드릴 수는 있습니다.

그리고 표시되어 제공되는 spot의 번호(SSP:Standard spot)는 프로그램에서 자동으로 고유번호를 부여하기 때문에 의뢰자께서 원하시는 임의의 번호로 지정하여 표시해 드릴 수 없음을 알려드립니다.

- A format은 이미지 분석을 통해 선정된 후보들의 분자량 과 pI 값이 제공됩니다.

그리고 선정된 spot들의 상세이미지가 편집되어 제공되어 집니다.

- B format은 A format과 동일하며, 선정된 후보들의 intensity 값이 제공됩니다.

수치로 보여지는 intensity 값은 샘플간 정확한 발현차이를 계산 하는데 유용하게 사용되게 되며, 이를 이용하여 샘플간에 변화율까지 계산하여 제공해 드립니다.

- C format은 B format분석에서 추가되어 다양한 통계적인 분석 결과 등이 제공됩니다. 선정된 후보에서 나온 intensity 값을 이용하여 각 샘플간의 유사성(distance, clustering), 발현변화 패턴의 classification등을 정리하여 해석하기 어려운 복잡한 실험을 이해하기 쉽도록 display해 드립니다. 다만 반복 실험이 없는 singlicate 실험이나, 비교하고자 하는 대상이 비교적 단순한 실험에는 유용하지 않습니다

다만 다양한 처리나 비교하여야 할 샘플수가 많은 실험 등 여러 가지 발현의 패턴을 보시고자 하는 실험에 적합하다고 보시면 됩니다.

같은 샘플이지만 샘플간의 차이등과 2-DE 실험에서 올 수 있는 미묘한 차이 등을 고려하여 반복실험을 거치면서 재현되는 후보만 선정 되었다고 보시면 될 것 같습니다. 반복은 실제 샘플에서 오는 차이만을 반영하기 위해 정확한 후보를 선정하기 위한 것입니다.

실제 반복 실험을 수행하는 것이 선정되는 후보의 수를 줄이고 확실한 후보선정을 위해 무엇보다 중요합니다.

- 세포: 배양된 세포를 2-3차례 PBS로 닦으시고 최종적으로 pellet만을 dry ice package로 보내주시면 됩니다. 필요한 세포의 양은 2 x 10⁶  입니다.

- 동물조직: 1mg의 조직을 dry ice package로 보내주시면 되고 blood가 많은 부분일 경우에 최대한 표면에 있는 것을 제거 하여 보내주시면 됩니다.

- 식물조직: 식물조직은 채취 후 protease의 영향에 취약 하기 때문에 상온에 잠시라도 노출시키지 않도록 주의 합니다. 액체질소에 고운 입자가 될 때 까지 조직을 파쇄한 후 500ug이상을 dryice package로 보내주시면 됩니다.

- IP샘플: 실험이 완료되면 SOUP을 모두 버리시고 BEAD만을 4℃상태를 유지하게 ice pack을 넣어 보내시면 됩니다. IP 샘플의 경우 사용하신 항체유래의 단백질이 혼재되어 있기 때문에 샘플을 사용하지 않고 실험전체 과정을 함께 진행한 CONTROL샘플이 대조군으로 필요합니다.

- 배지나 기타 buffer내의 단백질: 배지는 포함되어 있는 단백질 양이 제각각 이라 따로 권장량이 정해져 있지 않지만 50ml이상을 보내주시길 권해드립니다.기타 buffer내에 있는 단백질인 경우 ice pack이나 dry ice에 넣어 보내주시면 됩니다.

- 기타 건조, 분말 샘플: 상온 상태로 보내시면 됩니다.

* 모든 샘플 공히 최소 단백질 양은 SILVER staining일 경우 300ug이상, CBB staining을 원하실 경우 800ug이상을 보내주셔야 합니다. 다만 IP샘플이나 기타 최종 분석하고자 하는 시료의 단백질 양이 이에 못 미칠 경우에도 2-DE분석은 가능하지만 추후 MS분석에서 동정 성공률에 영향을 끼칠 수 있음을 미리 말씀드립니다.

* 인산단백질 농축(phospho protein enrichment) 실험시 필요한 단백질 양은 최소 4mg이니 참고하시어 샘플준비를 하시기 바랍니다.