弊社のGenomineでは顧客のsample gelを一年間保管後に廃棄します。廃棄する前までにご連絡いただければご送付できます。

MW(Molecular weight)は分子量、pI(Isoelectronic point)は等電点の意味です。SSP(Standard spot)は、プログラムで指定したspotの固有番号で、後で同一サンプルを依頼する時には同じSSPとして管理されます。番号自体に特別な意味をもって指定したわけではないので、参考にしてください。

分析の時期を違うようにして反復実験を行った場合に表記されますし、既存の実験で存在していたSSP番号(spot)という意味です。「R」のない番号は追加実験の時に新しく観察されて付けられたSSPであると理解すればよろしいです。

A format分析を申請した場合には全体spotのintensity dataは提供されませんので、空欄がある場合もございます。B, C formatの場合に存在しないSPOTの場合はintensityが1として表示されますので参考にしてください。

全体スポットのデータを正確に提供するためには、少なくても数百個であり、多ければ千個余りのスポット全部をサンプルの数ほど個別に手作業でdetectionし、データを確認しなければならないため、all spotのdataを提供することは人力的・時間的で不可能です。しかし、発現変化の見える候補の選定は、一次的に観察されるすべてのSPOTを基準に肉眼で観察・分析して、後でintensityを正確に算出して比較する作業を行います。時間がたくさんかかっても正確なデータを提供するために手作業で全部matchを行ってからデータを提供しますので、選定された候補を中心にデータをご確認ください。

C format分析時に選定された候補のデータを利用して発現変化のパターンを分け、グループごとにグラフと代表イメージを提供しておりますが、それぞれ分けられたグラフには類似なパターンの候補と発現パターンの代表イメージが編集されてあります。同一グラフにある候補らは同じ増減の様相だと解釈してよろしいです。

同じサンプルではありますが、サンプル間の差異や2-DE実験で生じられる微妙な差異などを考えて反復実験を通して再現される候補のみを選定するのです。反復は実際サンプルから来る差異のみを反映するために正確な候補を選定するための過程です。実際、反復実験を行うと選定される候補の数を減らし、確実な候補選定のためには何より重要です。

サンプルのゲルimageが出ますとイメージ分析用プログラムを利用してmatch setを作り、プログラムでauto-matchをして大略的なmatchになります。これに追加してmatchされていない一部spotに対して手作業をしながら細密なイメージ分析ができるようにmatch作業を行います。その後、染色された全体のspotに対して肉眼で比較分析をして有意な変化のあるspotに対してのみ候補選定を行います。

A formatは、イメージ解析を通して選定された候補らの分子量とpI値が提供されます。そして選定されたspotらの詳細イメージを編集して提供されるようになります。

B formatは、A formatと同じで、選定された候補らのintensity値が提供されます。数値で見られるintensity値はサンプル間の正確な発現の差を計算するにあって有用に使われ、これをもってサンプル間の変化率まで計算して提供されます。

C formatは、B formatの分析に追加して多用な通計的分析の結果などが提供されます。選定された候補から出たintensity値を利用して各サンプル間の類似性（distance, clustering), 発現変化パターンのclassificationなどを整理して解釈しにくい複雑な実験を理解しやすくdisplayします。ただ、反復実験のないsinglicate実験なので、比較する対象が比較的に単純な実験には有用ではありません。ただ、多様な処理や比較するサンプル数の多い実験など、いろんな発現パターンが見たい実験には適合です。

プログラムを通して選定された候補らをゲルイメージに表示することはできます。プログラムで表示する場合、選定された候補が多い場合は隣接しているspotの番号らと数字が重なってしまい、識別しにくい問題がありえます。ですので、この場合はお客様の要請とおりの番号ではなく、単純に赤色の点で表示します。そしてそのspotの番号(SSP:Standard spot)はプログラムで自動に固有番号がつけられるため、お客様の希望する任意番号を指定して表示することは出来ませんので、参考にしてください。