不可能です。基本的に同じプロテオーム組成であってこそ同じ座標にあるspotは同一タンパク質だと言えるのです。種あるいは部位がまったく違うサンプルの2-DEイメージを比較して同じ座標に見えるspotが観察されるとしても当然同一タンパク質ではないのです。仮に同一種の違う部位の2-DE イメージを比較して偶然に同じタンパク質が各サンプルに共存して同一座標に見えるとしてもMS解析を通して必ず同一タンパク質かを確認しなればなりません。

Degradationとはタンパク質が何らかの物理的、生理的現象によって分解されることを意味します。例えば植物の場合、サンプルの調製過程でタンパク質を抽出する前に常温で暫くの間でも露出すると、数秒内にproteaseの活性によってタンパク質が分解される現象が起きます。何かの特別な細菌などからでもこのように敏感な事態になる場合もよく観察されます。このように、何かの理由によってタンパク質が分解されてしまったサンプルの場合、正確なイメージ解析を遂行することが出来ません。タンパク質が分解されるようになると元々の分子量より小さい方でspotが見える現象が観察され、proteaseの露出時間などによってサンプルごとに差を見せる場合もあるためです。ですので、サンプルを準備する過程や配送時にタンパク質が分解されるほどの過程は最大限排除した方が望ましいですが、このためにサンプルは細胞壁が壊れる程度の温度や刺激を与えない範囲で調製し、調製すると同時に液体窒素で凍らせて -70℃以下で保管し続けてください。また、解析のために配送をする際には宅配の配送期間を考慮してドライアイスを充分にいれ、密封のままお送り下さい。

サンプルは同じ試料なのにプロテオームの組成が確然と異なる場合はほとんどありません。一般的にプロテオームの組成が異なる場合は、双方が異なる種か部位である場合のみに該当します。しかし、同一種の同一サンプルにもかかわらずプロテオーム組成が異なる場合がありますが、一部のサンプルでタンパク質のdegradationが起きた場合とサンプルが互いに異なるプロテオーム組成が持つしかない状況にあった場合などが該当します。このように、どんな理由からでも解析を依頼されたサンプルの解析が不能なほど互いに相違なプロテオーム組成を持つ場合には発現変化を分析して候補を選定する作業は遂行するとこが出来ません。

サンプル間の類似性を一目で簡単に見られるように作られたもので、距離が遠く離れているサンプルほど相違な部分の多いサンプルであり、反対に距離が近いほど比較的に似ているタンパク質の発現変化を見せるサンプルになります。

Spot intensityはプログラムでspotをdetectionすると同時にareaを感知して計算されます。それで非常に弱かったり強度がとても高いspotを感知する時に周辺のbackgroundや隣接したspotのareaに影響される場合があります。これはプログラム上のエラーですので、確認できる部分は手作業で改めてspot detectionをして正確なデータが得られるようにします。しかし、選定された候補数が多すぎて最後まで確認がとどかないデータがたまにありえますので、問い合わせいただければ修正してお送りします。

反復実験時に追加で進行した2-DE imageを利用してmatch setを作る時、以前のimageと統合して行いますが、その過程で以前付与されたSSP番号、即ち固有spot番号をtransferします。ですので、以前の番号と同じ番号のSSPは同じ座標にある同一spotです。

顧客の結果dataは弊社で別度保管していますので、いつでもご連絡いただければ再送付できます。

基本的にmatch setファイルはどんな場合でも提供しません。解析が完了してあるMatch setは弊社のイメージ解析技術がそのまま入っているため、外部への流出は禁止されております。