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| [ 2-DE Spot Picking ] 2-DE 결과를 보고 MS분석으로 단백질을 동정하고 싶습니다. MS 분석은 어떻게 진행되게 되나요?
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선정해 드린 후보 중 분석을 원하는 SPOT의 SSP번호를 서비스 신청란에 적어 주시면 됩니다. 의뢰하시면 선행된 모든 2-DE 젤에서 같은 SSP에 해당하는 SPOT을 pooling하여 MS 분석을 하게 됩니다. |
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| [ 2-DE 이미지분석데이터 ] SOM – exel file에 있는 spot 그룹과 그래프와 이미지를 어떻게 보면 되나요?
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C format 분석시에 선정된 후보의 데이터를 사용해 발현변화의 패턴을 나누어 그룹별로 그래프와 대표 이미지를 제공해 드리고 있습니다. 각각 나누어진 그래프에는 유사한 패턴을 보이는 후보가 포함되어 있고, 발현 패턴의 대표 이미지를 편집해 놓았습니다., 동일 그래프에 있는 후보들은 같은 증감의 양상을 보인다고 해석하시면 됩니다. |
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| [ 2-DE 이미지분석데이터 ] 전체 스팟의 데이터를 받고 싶습니다. 가능한가요?
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전체 스팟의 데이터를 정확히 드리기 위해서는 적게는 수백 개 많게는 천여 개가 넘는 모든 스팟을 샘플의 숫자만큼 일일이 수작업으로 detection 하고 데이터를 확인하여야 하는 것이라서, all spot의 data를 제공해 드리는 것은 인력적이나 시간적으로 가능하지 않습니다. 그러나 발현변화가 보이는 후보 선정은 일차적으로 관찰되는 모든 SPOT을 기준으로 육안으로 관찰되고 분석 되어지며, 이후에 intensity를 정확하게 산출하여 비교하게 됩니다. 시간이 많이 걸리더라도 정확한 데이터를 제공해 드리기 위하여 수작업으로 match를 모두 하여 데이터를 제공해 드리니, 선정된 후보 위주로 데이터 열람을 하시면 됩니다. |
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| [ 2-DE 이미지분석데이터 ] 제공되어진 엑셀 파일에 선정된 후보 중 spot intensity 부분에 비어있는 spot이 있습니다. 어떻게 해석하면 되나요?
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A format 분석을 신청하신 경우에는 전체 spot의 intensity data가 제공되지 않으므로, 공란이 있을 수 있습니다. B, C format의 경우에 존재하지 않는 SPOT의 경우 intensity가 1로 표시되어 있으니 참고하시기 바랍니다. |
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| [ 2-DE 이미지분석데이터 ] 반복 실험을 했더니 spot 번호 뒤에 R이라는 표기가 있습니다. 무슨 뜻인가요?
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분석 시기를 다르게 하여 반복 실험을 했을 때 표기가 되며, 기존의 실험에서 존재하였던 SSP번호(spot)라는 의미입니다. R이 없는 번호는 추가 실험 시 새로 관찰되어 부여된 SSP라고 이해하시면 됩니다. |
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| [ 2-DE 이미지분석데이터 ] MW PI 라고 표기된 것은 무엇인가요? 그리고 SSP는 무엇인가요?
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MW(Molecular weight)은 분자량, pI(Isoelectronic point)는 등전점 입니다. SSP(Standard spot)이란 프로그램에서 지정한 spot의 고유 번호로, 추후 같은 샘플을 의뢰하실 때 같은 SSP로 관리가 됩니다. 번호에 특별한 의미가 부여되어 지정된 것은 아니니 참고하시기 바랍니다. |
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| [ 2-DE 이미지분석 ] 2-DE를 저희가 직접 수행하여 이미지 분석만을 의뢰하려고 하는데 이미지 는 어떻게 보내드려야 하는지요?
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1) 젤 이외의 다른 부분이 포함되지 않도록 젤 영역만 잘라서 스캔 해주세요. (상하좌우)
2) 이미지의 용량은 10Mb 정도로 맞춰주세요. 용량이 너무 클 경우 이미지를 통합한 match set의 용량이 너무 커져 프로그램 운영이 어려울 수 있습니다.
3) 스캔 사이즈 X , Y 축의 physical size가 맞아야 합니다. 그러므로 가급적 한번에 같은 조건으로 스캔해주시기 바랍니다.
4) Image의 저장은 8bit나 가급적 16bit의 높은 해상도로 동일한 조건으로 맞추어서 tiff-uncompressed로 저장하셔야 합니다. RGB 컬러나 compressed 파일은 저희가 사용하는 PDQust 프로그램에서 열리지 않습니다.
5) 혹시 위와 같이 스캔이 어려우실 경우에는 저희 쪽에 젤을 보내 주셔도 됩니다. (저희 홈페이지 프로테옴 분석 서비스 요금란에 IMAGE ANALYSIS ONLY에 스캔방법을 클릭하시면 자세한 안내 내용을 보실 수 있습니다.) |
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| [ 2-DE 이미지분석 ] 이미지 분석에 이용된 match set file을 받을 수 있나요?
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기본적으로 matchset 파일은 어떤 경우에도 제공해 드리지 않습니다. 분석이 완료된 Match set은 제노마인이 보유한 이미지 분석기술이 고스란히 담겨져 있기 때문에 외부로의 유출이 금지되어 있습니다. |
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| [ 2-DE 이미지분석 ] 예전에 분석 의뢰했던 결과 파일을 다시 받고 싶은데 가능한가요?
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고객님께서 의뢰하신 data는 제노마인에서 따로 보관하고 있으니, 언제든지 연락해 주시면 찾아서 재송부 해드립니다. |
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| [ 2-DE 이미지분석 ] 반복 실험을 해서 결과를 받았습니다. 지난번 선정된 spot과 같은 것이 어떤 spot인지 어떻게 아나요?
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반복실험시 추가로 진행된 2-DE image를 이용하여 match set을 만들 때, 이전의 image와 통합하게 되고, 그 과정에서 이전에 부여되었던 SSP 번호 즉, 고유 spot의 번호를 transfer하게 됩니다. 그러므로 이전에 받으신 번호와 같은 번호의 SSP는 같은 좌표에 있는 동일한 spot입니다. |
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